उज्जैन के महाकालेश्वर मंदिर तक केवल रेल मार्ग अथवा सड़क मार्ग से ही नहीं पहुंचा जा सकता है। अपितु उज्जैन के महाकालेश्वर मंदिर तक वायु मार्ग से पहुंकर भी बाबा महाकाल के दर्शन का आनंद लिया जा सकता है। उज्जैन के निकट इंदौर शहर में एअरपोर्ट स्थित है। जो कि वायु मार्ग के द्वारा भारत के विभिन्न क्षेत्रों से जुड़ा हुआ है। इंदौर के एअरपोर्ट से उज्जैन के महाकालेश्वर मंदिर तक की सड़क मार्ग से यात्रा में केवल 40 से 45 मिनट का समय लगता है। इंदौर के अतिरिक्त भोपाल में भी एअरपोर्ट स्थित है। जो कि उज्जैन में महाकालेश्वर मंदिर दर्शन के लिए आगने वाले विदेशी दर्शनार्थियों के लिए उपयुक्त स्थान होता है। इंदौर एवं भोपाल शहर से अंतर्देशीय उडा़नो के साथ साथ अंतरराष्ट्रीय भी उड़ानों का परिचालन भी किया जाता है।